• Centrala
• Oddziały IPN i Oddziałowe KŚZpNP
• Delegatury

Prezes IPN Zastępcy Prezesa	Biuro Prezesa    Główna Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi  Polskiemu    Biuro Lustracyjne    Biuro Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów    Biuro Edukacji Publicznej    Służba Bezpieczeństwa i Higieny Pracy    Samodzielna Sekcja Audytu Wewnętrznego
Dyrektor Generalny IPN	Biuro Dyrektora Generalnego    Biuro Budżetu i Finansów    Biuro Ochrony    Biuro Administracyjno-Gospodarcze    Biuro Informatyki