OBEP IPN w Warszawie uczestniczy w następujących pracach naukowo- badawczych:
Projekty centralne:
Struktura i metody działania aparatu bezpieczeństwa Polski Ludowej
Aparat bezpieczeństwa w walce z podziemiem politycznym i zbrojnym 1944–1956
Władze PRL wobec kryzysów społecznych i opozycji demokratycznej w latach 1956–1989
Słownik biograficzny „Konspiracja i opór społeczny 1944–1956”
Aparat bezpieczeństwa wobec środowisk twórczych i naukowych w PRL
Encyklopedia obu okupacji
„Śladami zbrodni” – ogólnopolski program dokumentacyjno-badawczy dotyczący miejsc związanych ze zbrodniami popełnionymi przez komunistyczny aparat represji
Wojna i okupacja, Polskie Państwo Podziemne
Aparat bezpieczeństwa w walce z Kościołem
Projekty własne:
Struktury poakowskie w województwie warszawskim i ich likwidacja przez aparat bezpieczeństwa
Działalność Związku Patriotów Polskich na Wileńszczyźnie (1944–1946)
Inspektorat Grodzieński AK-AKO-WiN 1944–1950
6. Partyzancka Brygada Wileńska AK 1946–1952
Podziemie niepodległościowe na Mazowszu północno-zachodnim w latach 1945–1956
Mazowsze i Podlasie w ogniu. Powiaty województwa warszawskiego w czasach stalinowskich
Ludzie płockiej „bezpieki”
Struktura i metody działania Stołecznego UB oraz Komendy Stołecznej Milicji Obywatelskiej
Stalinowska elita władzy w rozpracowaniu resortu bezpieczeństwa
Aparat bezpieczeństwa wobec środowisk twórczych i naukowych w latach 1956–1970
Spór o kształt polskiego Millenium; w latach 1965–1967
Reakcje społeczne na zamknięcie tygodnika „Po prostu”
Międzyzakładowy Robotniczy Komitet „Solidarności”
„Warszawa niepokonana”. Przejawy działalności niezależnej i opozycyjnej, w latach 1945–1989
„Dopalanie kresów”. Podziemie niepodległościowe na kresach północno-wschodnich
Podziemie niepodległościowe w województwie warszawskim 1944–1956
Narodowe Zjednoczenie Wojskowe. Próba monografii
Inspektorat Podlaski Lubelskiego Okręgu AK-DSZ-WiN
Okręg AK Warszawa – miasto
Obraz polskich partyzantów w oczach Niemców w latach 1939–1945
Aparat bezpieczeństwa przeciwko środowiskom Duszpasterstwa Akademickiego na przykładzie DA w kościele św. Anny w Warszawie
