Janusz Kurtyka urodził się 13 sierpnia 1960 r. w Krakowie. Absolwent Wydziału Historyczno-Filozoficznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ukończył studia doktoranckie w Instytucie Historii PAN, gdzie w 1995 roku obronił rozprawę doktorską z zakresu nauk humanistycznych. W 2000 roku uzyskał stopień doktora habilitowanego. W latach 2000–2005 był dyrektorem i organizatorem Oddziału Instytutu Pamięci Narodowej w Krakowie. Od 1979 r. działał w opozycji demokratycznej w Krakowie, był m.in. współzałożycielem Niezależnego Zrzeszenia Studentów w Instytucie Historii UJ i członkiem Komitetu Założycielskiego NZS UJ, wykładowcą podziemnego Chrześcijańskiego Uniwersytetu Robotniczego. Był pracownikiem naukowym w Instytucie Historii PAN (od 1985), członkiem Rady Naukowej Instytutu Historii PAN kadencji 1999–2002 i 2003–2006. W latach 1989–2000 był przewodniczącym Koła NSZZ „Solidarność” krakowskich placówek Instytutu Historii PAN.
Autor ok. 140 publikacji naukowych z zakresu historii Polski średniowiecznej i wczesnonowożytnej oraz historii oporu antykomunistycznego w Polsce po 1944 r., w tym 4 książek: „Generał Leopold Okulicki »Niedźwiadek« 1898–1946”, „Tęczyńscy. Studium z dziejów polskiej elity możnowładczej w średniowieczu”, „Latyfundium tęczyńskie. Dobra i właściciele XIV–XVII w.”, „Odrodzone Królestwo. Monarchia Władysława Łokietka i Kazimierza Wielkiego w świetle nowszych badań”, współautor wielu opracowań zbiorowych. Od 1994 r. był redaktorem naczelnym „Zeszytów Historycznych WiN-u”, współautorem „Słownika historyczno-geograficznego województwa krakowskiego w średniowieczu”, współpracownikiem „Polskiego Słownika Biograficznego”. Przewodniczył Komitetowi Redakcyjnemu serii „Konspiracja i opór społeczny w Polsce 1944–1956. Słownik biograficzny”, był członkiem redakcji czasopisma naukowego IPN „Aparat Represji w Polsce Ludowej 1944–1989”. Janusz Kurtyka należał m.in. do Polskiego Towarzystwa Historycznego, Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Przemyślu, Polskiego Towarzystwa Heraldycznego.
W dniu 9 grudnia 2005 r. został wybrany przez Sejm RP na stanowisko Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej, w dniu 29 grudnia 2005 r. złożył ślubowanie jako Prezes Instytutu.
Laureat Nagrody im. Adama Heymowskiego (1996), II nagrody w Konkursie im. Klemensa Szaniawskiego (1998), Nagrody im. Joachima Lelewela (2000), Nagrody im. Jerzego Łojka (2001). W 2009 r. odznaczony przez Prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski.
Był żonaty, miał dwóch synów.
Zginął tragicznie 10 kwietnia 2010.
