Projekty badawcze centralne i ponadregionalne

• „Struktura i metody działania aparatu bezpieczeństwa Polski Ludowej” – Tomasz Bereza, Piotr Chmielowiec, dr Krzysztof Kaczmarski, Bogusław Kleszczyński, dr Mariusz Krzysztofiński, Mirosław Surdej
• „Encyklopedia Solidarności" – Tomasz Bereza, Artur Brożyniak, Marcin Bukała, Piotr Chmielowiec, Małgorzta Gliwa, dr Dariusz Iwaneczko, dr Krzysztof Kaczmarski, Bogusław Kleszczyński, dr Mariusz Krzysztofiński, Katarzyna Kyc, Krzysztof Tochman
• „Osobowy wykaz ofiar konfliktu polsko-ukraińskiego w latach 1939-1948" – Tomasz Bereza , Artur Brożyniak, Małogorzata Gliwa
• „Notacje” – Bogusław Kleszczyński, Mirosław Surdej
• „Aparat bezpieczeństwa w walce z podziemiem politycznym i zbrojnym 1944-1956” – dr Krzysztof Kaczmarski, Tomasz Bereza, Mirosław Surdej
• „Śladami zbrodni” – Bogusław Kleszczyński, Mirosław Surdej
• „Aparat bezpieczeństwa wobec środowisk twórczych, dziennikarskich i naukowych” – Jakub Izdebski, Katarzyna Kyc, Krzysztof Tochman
• „Władze PRL wobec kryzysów społecznych i opozycji demokratycznej” – Małgorzata Gliwa, Artur Brożyniak, Marcin Bukała, dr Dariusz Iwaneczko, Bogusław Kleszczyński
• „Słownik biograficzny. Konspiracja i opór społeczny w Polsce 1944-1956.” – Tomasz Bereza, Piotr Chmielowiec, dr Krzysztof Kaczmarski, dr Mariusz Krzysztofiński, Mirosław Surdej
• „Polacy ratujący Żydów”- dr Elżbieta Rączy, Michał Kalisz
• „Polacy represjonowani za pomoc Żydom” – dr Elżbieta Rączy
• „Działalność aparatu bezpieczeństwa wobec polskich ruchów i środowisk politycznych” – dr Krzysztof Kaczmarski, Tomasz Bereza
• „Rejestr pochówków ludności żydowskiej z czasów II wojny światowej” – Michał Kalisz
• „Aparat bezpieczeństwa wobec emigracji i Polonii” – Krzysztof Tochman
• „Aparat bezpieczeństwa w walce z Kościołem i wolnością wyznania” – Piotr Chmielowiec, dr Krzysztof Kaczmarski, dr Mariusz Krzysztofiński, Katarzyna Kyc

Projekty badawcze regionalne:

• „Marzec 1968 w Polsce południowo-wschodniej” – Bogusław Kleszczyński
• „Represje wobec Kościołów Katolickich Metropolii Lwowskich 1939-1950” – dr Mariusz Krzysztofiński
• „SB wobec Solidarności w Polsce południowo-wschodniej" – Piotr Chmielowiec, Marcin Bukała, Jakub Izdebski, dr Krzysztof Kaczmarski, Michał Kalisz, dr Mariusz Krzysztofiński
• „Wokół Piskorowic. Konflikt polsko – ukraiński na Jarosławskim Zasaniu 1939-1947” – Tomasz Bereza
• „Klub Inteligencji Katolickiej na Podkarpaciu” – Piotr Chmielowiec, Katarzyna Kyc
• „Konfederacja Polski Niepodległej w Polsce południowo-wschodniej” – Marcin Bukała , Artur Brożyniak
• „Opór i opozycja przedsierpniowa 1977-1980” – dr Dariusz Iwaneczko
• „PUBP Lubaczów” – dr Dariusz Iwaneczko

Projekty badawcze indywidualne:

• „Cichociemni" – Krzysztof Tochman
• „PPR/PZPR w Polsce południowo-wschodniej” – dr Mariusz Krzysztofiński
• „Ruch ludowy w Polsce w latach 1944-1989” – Marcin Bukała, dr Mariusz Krzysztofiński
• „Kościół Katolicki w Polsce południowo-wschodniej” – dr Mariusz Krzysztofiński
• „Kościół katolicki i inne związki wyznaniowe” – dr Mariusz Krzysztofiński

Projekty naukowo-edukacyjne:

•  „Harcerstwo 1939-1990” – Zenon Fajger
• „Rok Kultury Niezależnej” – Jakub Izdebski, Krzysztof Tochman

Projekty badawczo-edukacyjne:

• „Zbrodnie dokonane przez okupanta niemieckiego w Rzeszowie” – Bogusław Kleszczyński
• „Przywrócić Pamięć” – Bogusław Kleszczyński