Podstawę wszczęcia postępowania przygotowawczego stanowiły ustalenia poczynione w trakcie czynności sprawdzających , w zakresie analizy akt śledztw przeprowadzonych w
latach dziewięćdziesiątych w b. Departamencie Prokuratury Ministerstwa Sprawiedliwości i w b. Prokuraturze Wojewódzkiej w Warszawie.
W wyniku analizy zgromadzonych materiałów przyjęto dwa kierunki śledztwa, zmierzając do ujawnienia przestępczych działań funkcjonariuszy Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, w tym przede wszystkim, do potwierdzenia faktów dotyczących funkcjonowania w tym resorcie, związku przestępczego.
Pierwszym z kierunków czynności procesowych jest sprawa uprowadzenia w dniu 19 października 1984 r. i zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki, którego zwłoki wydobyto w dniu 30 października 1984 r., z akwenu wodnego pod zaporą na rzece Wiśle we Włocławku. Jedną z postawionych wersji jest hipoteza, że – o ile zgon księdza nastąpił z 19 na 20 października 1984 r. - to jego zwłoki mogły zostać wrzucone do rzeki , dopiero w późnych godzinach wieczornych 25 października 1984 r. Według drugiej założonej wersji, ks. J. Popiełuszko został pozbawiony życia w dniu 25 października 1984 r. i w tym samym dniu, w późnych godzinach wieczornych, jego zwłoki zostały wrzucone do Wisły
Tak postawione wersje śledcze oparto na wynikach analizy akt Sądu Wojewódzkiego w Toruniu, sygn. II K 53 / 84, w zestawieniu z rezultatem wykonanych, szeroko zakrojonych, licznych czynności procesowych w niniejszej sprawie, w tym zeznań świadków i opinii sądowo – lekarskiej, wydanej przez zespół powołanych biegłych.
Równolegle prowadzone są czynności procesowe zmierzające do przedstawienia zarzutów kierowania wykonaniem zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki przez osoby, które w zajmowały wyższe stanowiska w hierarchii partyjno – rządowej od gen. MSW Władysława Ciastonia i Zenona Płatka.
W trakcie postępowania przygotowawczego, w realizacji drugiego z przyjętych kierunków śledztwa, aktualnie wykonywane są czynności procesowe w sprawach: -zabójstwa ks. Leona Błaszczaka, dokonanego w nocy z 26 na 27 grudnia 1982 r., w Cielętnikach, b. woj. częstochowskiego; - zabójstwa działacza opozycji politycznej Jana Strzeleckiego, w nocy z 29 na 30 czerwca 1988 r., w Warszawie i - zabójstwa ks. Stanisława Suchowolca, w nocy z 29 na 30 stycznia 1989 r., w Białymstoku.