Z chwilą wybuchu wojny niemiecko - radzieckiej nastąpiła powszechna ewakuacja instytucji sowieckich z terenów Kresów Wschodnich II Rzeczypospolitej, która objęła wszystkie więzienia znajdujące się na terenach pod okupacja sowiecką. Więzienia pozostawały pod zarządem NKWD. Z uwagi na szybkie postępy wojsk niemieckich, szereg więzień usytuowanych w strefie przygranicznej nie zdołało ewakuować. Taka sytuacja miała miejsce również w Grodnie.

Wśród więźniów osadzonych w tym więzieniu - usytuowanym w trzypiętrowym murowanym budynku na rogu ulic Listowskiego i Złotarskiej, niedaleko kościoła farnego, znajdowały się osoby różnych narodowości, głównie polskiej, ale również białoruskiej i rosyjskiej. Już w dniu wybuchu wojny niemiecko - sowieckiej, tj. 22 czerwca 1941 r. nastąpiły bombardowania więzienia w Grodnie przez lotnictwo niemieckie. Silne naloty niemieckie spowodowały m.in., że jedna z bomb uderzyła w skrzydło więzienia, co wywołało panikę wśród strażników, którzy w popłochu opuścili więzienie. Ten fakt umożliwił więźniom osadzonym w tym skrzydle więzienia opuścić cele. Więźniowie po wydostaniu się z cel znaleźli w piwnicach, w oddziale karcerów dużą ilość zwłok ludzkich. Byli to więźniowie wcześniej osadzeni w karcerach. Na ciele ofiar widoczne były rany postrzałowe z broni maszynowej i krótkiej.

Sprawcami zbrodni byli funkcjonariusze NKWD i radzieckiej służby więziennej. 

W śledztwie prowadzone są działania w celu ustalenia personaliów wszystkich ofiar i dokładnego poznania okoliczności zbrodni i jej sprawców.