Organizację Instytutu Pamięci Narodowej określa Statut Instytutu Pamięci Narodowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.

Organami Instytutu są:

• Prezes Instytutu
• Kolegium Instytutu

W ramach Instytutu działają:

• Główna Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu
  Główna Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu została powołana jako pion śledczy Instytutu Pamięci Narodowej. W 2000 r prokuratorzy Głównej Komisji podjęli i prowadzą śledztwa w sprawach o zbrodnie popełnione na osobach narodowości polskiej lub obywatelach polskich innych narodowości, które zostały zaliczone do przestępstw nie ulegających przedawnieniu oraz śledztwa w sprawach o zbrodnie komunistyczne popełnione w okresie od dnia 17 września 1939 r. do dnia 31 grudnia 1989 r.
  
  Główna Komisja oraz Oddziałowe Komisje działają w miastach, w których mają swe siedziby Sądy Apelacyjne. Prokuratorzy Głównej Komisji sprawują nadzór nad śledztwami prowadzonymi przez prokuratorów Oddziałowych Komisji.
  
  Główna i Oddziałowe Komisje Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu podjęły śledztwa zawieszone w związku z postawieniem w stan likwidacji byłej Komisji Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu oraz podjęły szereg nowych śledztw.
  
  W ramach Komisji Ścigania działa Wydział Ekspertyz i Opracowań, zatrudniający pracowników naukowych. Wspierają oni swoimi badaniami, dotyczącymi zbrodni wojennych i zbrodni przeciwko ludzkości popełnionych w Polsce, prokuratorów prowadzących śledztwa. Opracowują również urzędowe opinie i ekspertyzy dotyczące zbrodni wojennych i zbrodni ludobójstwa dla sądów, urzędów, fundacji oraz innych instytucji i osób prywatnych.

• Biuro Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów Instytutu Pamięci Narodowej
  Zgodnie z Ustawą o Instytucie Pamięci Narodowej z dnia 18 grudnia 1998 r. pion archiwalny zajmuje się ewidencjonowaniem, gromadzeniem i udostępnianiem akt wytworzonych przez organy bezpieczeństwa państwa od 22 VII 1944 r. do 31 XII 1989 r., a także przez organy bezpieczeństwa III Rzeszy Niemieckiej i Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich w okresie II wojny światowej.
  
  Zakres tematyczny dokumentacji gromadzonej przez IPN to zbrodnie nazistowskie, komunistyczne i inne przestępstwa popełnione na osobach narodowości polskiej lub obywatelach polskich innych narodowości.
  
  W miastach, siedzibach sądów apelacyjnych, powołano Oddziały IPN, w których funkcjonują Oddziałowe Biura Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów, kierowane przez naczelników.

• Biuro Edukacji Publicznej
  Biuro Edukacji Publicznej prowadzi swą działalność równolegle na trzech obszarach: edukacyjnym, naukowym i wydawniczym. Działalność naukowa polega na podejmowaniu projektów badawczych, inicjowaniu sesji, konferencji, seminariów, a także wspieraniu poszczególnych inicjatyw i środowisk, zwłaszcza kombatanckich, w upamiętnianiu najnowszej historii Polski. Działalność edukacyjna ma na celu wspieranie kształcenia historycznego Polaków oraz upowszechnianie w różnych formach wiedzy o najnowszej historii Polski. Działalność edytorska i wydawnicza, w tym bieżąca obecność w sieci Internet, ma za zadanie możliwie szerokie propagowanie zagadnień podejmowanych przez działy badawczy i edukacyjny.
  
  Biuro Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej, z siedzibą w Warszawie, działa w skali ogólnopolskiej, koordynując pracę dziesięciu Oddziałowych Biur Edukacji Publicznej (OBEP) działających w ramach Oddziałów IPN w następujących miastach: Białymstoku, Gdańsku, Katowicach, Krakowie, Lublinie, Łodzi, Poznaniu, Rzeszowie, Warszawie, Wrocławiu.

• Oddziały

  W celu wykonywania zadań Instytutu Pamięci Narodowej w miejscowościach będących siedzibami sądów apelacyjnych utworzone zostały oddziały IPN. W oddziałach powołano:

  1) oddziałowe komisje ścigania zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
  2) oddziałowe biura udostępniania i archiwizacji dokumentów,
  3) oddziałowe biura edukacji publicznej.

w skład Instytutu wchodzą następujące Oddziały:

1) Oddział w Białymstoku,
2) Oddział w Gdańsku,
3) Oddział w Katowicach,
4) Oddział w Krakowie,
5) Oddział w Lublinie,
6) Oddział w Łodzi,
7) Oddział w Poznaniu,
8) Oddział w Rzeszowie,
9) Oddział w Szczecinie,
10) Oddział w Warszawie,
11) Oddział we Wrocławiu

• Delegatury

  w skład Instytutu wchodzą Delegatury Instytutu:

1) Bydgoszcz
2) Gorzów Wielkopolski
3) Kielce
4) Koszalin
5) Olsztyn
6) Opole
7) Radom