Posiedzenia Kolegium odbywają się nie mniej niż raz w miesiącu i zazwyczaj przebiegają wedle następującego schematu (porządku obrad):
- Informacja Prezesa Instytutu (lub osoby przez niego wskazanej) o bieżących sprawach Instytutu oraz pytania i interpelacje członków Kolegium w sprawach związanych z działalnością Instytutu.
- Omawianie problemów z zakresu działalności Instytutu (pionów, komórek organizacyjnych czy agend) zgodnie z wcześniej ustalonym harmonogramem przez Kolegium. Podstawą dyskusji są informacje pisemne przygotowane przez osoby wskazane przez Prezesa oraz ich prezentacja ustna. W tej części posiedzenia uczestniczą obok Prezesa osoby przez niego wskazane. Zgodnie z wymogami ustawy lub w przypadku spraw szczególnie ważnych Kolegium podejmuje „uchwałę”, która jest decyzją, lub przyjmuje „stanowisko”, które wyraża jej opinię. Dyskusja nad tekstem uchwały lub stanowiska odbywa się tylko w gronie członków Kolegium.
- Sprawy porządkowe oraz omawianie bieżących spraw, które wpłynęły do Kolegium lub zostały wniesione przez jej członków.
Działalność Kolegium w 2023 r.
- 6 lipca 2023 r. – odbyło się inauguracyjne posiedzenie Kolegium IPN, podczas którego omówiono sprawy organizacyjne (m.in. przyjęto regulamin organizacyjny i wybrano na funkcję przewodniczącego prof. dr. hab. Tadeusza Wolszę, a na jego zastępców: prof. dr. hab. Wojciecha Polaka oraz dr. hab. Mieczysława Rybę).
- 28 sierpnia 2023 r. – omówiono możliwości wznowienia prac poszukiwawczych, ekshumacyjnych i upamiętniających polskie ofiary na Ukrainie z udziałem kierownictwa Instytutu Pamięci Narodowej.
- 26 września 2023 r. – wysłuchano informacji prof. Filipa Musiała, dyrektora Muzeum Żołnierzy Wyklętych i Więźniów Politycznych PRL na temat kierowanego przez niego Muzeum.
- 24 października 2023 r. – omówiono zaproponowane przez dr. Karola Nawrockiego, prezesa Instytutu Pamięci Narodowej zmiany kadrowe oraz strukturalne w IPN. Ponadto Kolegium zajęło stanowisko w sprawie wezwań do likwidacji IPN, jakie pojawiły się w przestrzeni publicznej po wyborach parlamentarnych 15 października 2023.
- 28 listopada 2023 r. – omówiono badanie ewaluacyjne dotyczące pionu badań historycznych.
- 20 grudnia 2023 r. – omówiono działalność pionu ścigania IPN kierowanego przez prokuratora Andrzeja Pozorskiego ze szczególnym uwzględnieniem umorzonego śledztwa w sprawie akcji „Wisła”.