Wojna i okupacja 1939-1945 r.

 Równolegle prowadzono przygotowania do kolejnej sesji naukowej, dotyczącej „Akcji czynnej Polskiego Państwa Podziemnego”, która odbędzie się we wrześniu 2005 r. Trwają przygotowania do edycji materiałów międzynarodowej konferencji „Polska pod okupacją niemiecką i sowiecką 1939–1945” pod redakcja Stanisława Jankowiaka.
W ramach badań na dziejami pierwszej okupacji sowieckiej opublikowano pracę zbiorową „Okupacja sowiecka ziem polskich 1939–1941” pod redakcją Piotra Chmielowca oraz rozpoczęto dwa duże projekty badawcze, których realizacja jest obliczona na dwa kolejne lata (2006-2007). Pierwszy dotyczy obrazu Polskiego Państwa Podziemnego w oczach funkcjonariuszy hitlerowskiego aparatu okupacyjnego, natomiast drugi dziejów kłamstwa katyńskiego po II wojnie światowej. Trwają też prace nad monografiami emigracyjnego Ministerstwa Informacji i Dokumentacji (w latach 1939-1990), Państwowego Korpusu Bezpieczeństwa czyli policji Polskiego Państwa Podziemnego oraz Szefostwa Biur Wojskowych ZWZ-AK. Pośrednio tematyki tego programu badawczego dotyczy też opublikowana wiosną 2005 r. obszerna monografia Stanisława Jankowiaka „Wysiedlenie i emigracja ludności niemieckiej w polityce władz polskich w latach 1945-1970”.
W rezultacie badań prowadzonych nad innymi aspektami historii II wojny światowej opublikowano m.in. tom studiów „Deportacje Górnoślązaków do ZSRR w 1945 roku” (Katowice 2004), pod redakcją Adama Dziuroka i Marcina Niedurnego, oraz trzy książki związane z sześćdziesiątą rocznicą Powstania Warszawskiego: „Aresztowane Powstanie” pod redakcją Jacka Sawickiego oraz reedycje prac Janusza Zawodnego „Uczestnicy i świadkowie Powstania Warszawskiego. Wywiady” oraz „Powstanie Warszawskie w walce i dyplomacji”. Sześćdziesiątej rocznicy Powstania Warszawskiego został też poświęcony podwójny numer „Biuletynu IPN” (nr 8-9/2004).
Na ukończeniu są prace nad przygotowaniem księgi dokumentującej przejawy pomocy udzielanej Polakom przez niektórych Ukraińców podczas antypolskiej akcji OUN-UPA w latach 1943-1947 oraz Polaków ratujących Ukraińców przed akcjami odwetowymi. W „Kresowej księdze sprawiedliwych” odnotowano przypadki udzielania pomocy Polakom w ponad 500 miastach i wsiach. Bardzo zaawansowane są też prace nad książką dotyczą roli Ukraińskiej Powstańczej Armii w prześladowaniach ludności polskiej na kresach.
W okresie sprawozdawczym, kontynuował działalność powołany do życia z inicjatywy BEP w listopadzie 2003 r. zespół historyków zajmujących się problemem tzw. – przez hitlerowska propagandę - bydgoskiej „krwawej niedzieli” (wydarzeń w Bydgoszczy w dn. 3 i 4 września 1939 roku). Przewodniczy mu dyrektor BEP dr hab. Paweł Machcewicz. W pracach zespołu uczestniczą przedstawiciele: Akademii Bydgoskiej, Archiwum Państwowego w Bydgoszczy oraz Bydgoskiego Towarzystwa Naukowego, UMK w Toruniu, PAN w Toruniu, Instytutu Zachodniego w Poznaniu, UAM w Poznaniu, i Centralnego Archiwum Wojskowego w Warszawie. Na podstawie dokumentów historycy spróbują odtworzyć najbardziej prawdopodobne przyczyny i przebieg wydarzeń z 3 i 4 września, oszacować liczbę zabitych po polskiej i po niemieckiej stronie, a także będę próbować stworzyć imienną ich listę.